ประวัติความเป็นมาของจังหวัดสตูลในสมัยก่อนกรุงศรีอยุธยาและในสมัยกรุงศรีอยุธยาไม่ปรากฏหลัก ฐานกล่าวไว้ ณ ที่ใด  สันนิษฐานว่าในสมัยนั้น ไม่มีเมืองสตูล คงมีแต่หมู่บ้านเล็ก ๆ กระจัดกระจายอยู่ตามที่ราบ ชายฝั่งทะเล
     ในสมัยต้นกรุงรัตนโกสินทร์ สตูลเป็นเพียงตำบลหนึ่งอยู่ในเขตเมืองไทรบุรี ฉะนั้นประวัติความเป็นมาของ จังหวัดสตูล จึงเกี่ยวข้องกับเรื่องราวของเมืองไทรบุรี ดังปรากฎในหนังสือพระราชพงศาวดารกรุงรัตนโกสินทร์ รัชกาลที่ ๒ ว่า "ตามเนื้อความที่ปรากฏดังกล่าวมาแล้ว ทำให้เห็นว่าในเวลานั้น พวกเมืองไทรเห็นจะแตกแยก กันเป็นสองพวก  คือ พวกเจ้าพระยาไทรปะแงรันพวกหนึ่ง และพวกพระยาอภัยนุราชคงจะนบน้อมฝากตัวกับ เมืองนครศรีธรรมราช โดยเฉพาะเมื่อพระยาอภัยนุราชได้มาเป็นผู้ว่าราชการเมืองสตูล  ซึ่งเขตแดนติดต่อกับ เมืองนครศรีธรรมราช พวกเมืองสตูลคงจะมาฟังบังคับบัญชาสนิทสนมข้างเมืองนครศรีธรรมราชมากกว่าเมือง ไทร แต่พระยาอภัยนุราชว่าราชการเมืองสตูลได้เพียง ๒ ปี ก็ถึงแก่อนิจกรรม ผู้ใดจะได้ว่าราชการเมืองสตูล ต่อมาในชั้นนั้นหาพบจดหมายเหตุไม่ แต่พิเคราะห์ความตามเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นภายหลัง เข้าใจว่าเชื้อพระวงศ์ ของพระอภัยนุราช (ปัศนู) คงจะได้ว่าราชการเมืองสตูลและฟังบังคับบัญชาสนิทสนมกับเมืองนครศรีธรรมราช อย่างครั้งพระยาอภัยนุราชหรือยิ่งกว่านั้น"
     เรื่องเกี่ยวกับเมืองสตูลยังปรากฎในหนังสือพงศาวดารเมืองสงขลา แต่ข้อความที่ปรากฎบางตอนเกี่ยวกับชื่อ ผู้ว่าราชการเมืองสตูล ไม่ตรงกับพระราชพงศาวดารกรุงรัตนโกสินทร์ รัชกาลที่ ๓ ประวัติเกี่ยวกับเมืองสตูลใน การจัดรูปแบบการปกครองเมือง ตามระบอบมณฑลเทศาภิบาลว่า ในปี พ.ศ. ๒๔๔๐ ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้รักษาเมืองไทรบรี เมืองเปอร์ลิส และเมืองสตูลเป็นมณฑลเทศาภิบาล เรียกว่า "มณฑลไทรบุรี" โปรดเกล้าฯ ให้เจ้าพระยาไทรบุรีรามภักดี เจ้าพระยาไทรบุรี (อับดุลฮามิต) เป็นข้าราชการเทศาภิบาลมณฑลไทรบุรี   เมือง สตูลได้แยกจากเมืองไทรบุรีอย่างเด็ดขาด ตามหนังสือสัญญาไทยกับอังกฤษเรื่องปักปันเขตแดนระหว่างไทยกับ สหพันธรัฐมาลายู ซึ่งลงนามกันที่กรุงเทพฯ เมื่อวันที่ ๑๐ มีนาคม ร.ศ.๑๒๗ (พ.ศ. ๒๔๕๒) จากหนังสือสัญญาน ี้ยังผลให้ไทรบุรีและปลิสตกเป็นของอังกฤษ ส่วนสตูลคงเป็นของไทยสืบมาจนถึงปัจจุบัน
    เมื่อปักปันเขตแดนเสร็จแล้ว ได้มีพระราชโองการโปรดให้เมืองสตูลเป็นเมืองจัตวารวมอยู่ในมณฑลภูเก็ต เมื่อวันที่ ๖ สิงหาคม ร.ศ.๑๒๘ (พ.ศ. ๒๔๕๓)
     ในปีพุทธศักราช ๒๔๗๕ ประเทศไทยเปลี่ยนแปลงการปกครองเป็นระบอบประชาธิปไตย เมืองสตูลก็มี ฐานะยกเป็นจังหวัดหนึ่งอยู่ในราชอาณาจักรไทยสืบต่อมาจนถึงกระทั่งทุกวันนี้
     จังหวัดสตูล แม้จะอยู่รวมกับไทรบุรีในระยะเริ่มแรกก็ตาม แต่จังหวัดสตูลก็เป็นจังหวัดที่มีดินแดนรวมอยู่ใน ประเทศไทยตลอดมา ระยะแรก ๆ จังหวัดสตูล แบ่งเขตการปกครองออกเป็น ๒ อำเภอ กับ ๑ กิ่งอำเภอ คือ อำเภอมำบัง อำเภอทุ่งหว้า และกิ่งอำเภอละงู ซึ่งอยู่ในการปกครองของอำเภอทุ่งหว้า ต่อมาปี พ.ศ. ๒๔๘๒ ได้ เปลี่ยนชื่ออำเภอมำบังเป็นอำเภอเมืองสตูล สำหรับอำเภอทุ่งหว้า ซึ่งในสมัยก่อนนั้นเจริญรุ่งเรืองมาก มีเรือกล ไฟจากต่างประเทศติดต่อ ไปมาค้าขายและรับส่งสินค้าเป็นประจำ สินค้าสำคัญของอำเภอทุ่งหว้า คือ "พริกไทย" เป็นที่รู้จักเรียกตามกันในหมู่ชาวต่างประเทศว่า "อำเภอสุไหวอุเป" ต่อมาเมื่อประมาณปี พ.ศ. ๒๔๕๗ การปลูก พริกไทยของอำเภอทุ่งหว้าได้ลดปริมาณลง ชาวต่างประเทศที่เข้ามาทำการค้าขายต่างพากันอพยพกลับไปยังต่าง ประเทศ ราษฎรในท้องที่ก็พากันอพยพไปหาทำเลทำมาหากินในท้องที่อื่นกันมาก โดยเฉพาะได้ย้ายไปตั้งหลัก แหล่งที่กิ่งอำเภอละงูมากขึ้น ทำให้ท้องที่กิ่งอำเภอละงูเจริญขึ้นอย่างรวมเร็ว และในทางกลับกัน ทำให้อำเภอทุ่ง หว้าซบเซาลง
     ครั้งถึง พ.ศ. ๒๔๗๓ ทางราชการพิจารณาเห็นว่ากิ่งอำเภอละงูเจริญขึ้น มีประชากรอาศัยอยู่หนาแน่นกว่า อำเภอทุ่งหว้า จึงได้ประกาศยกฐานกิ่งอำเภอละงูเป็นอำเภอ เรียกว่า อำเภอละงู และยุบอำเภอทุ่งหว้าเดิมเป็นกิ่ง อำเภอทุ่งหว้า เรียกว่า กิ่งอำเภอทุ่งหว้า ขึ้นอยู่ในการปกครองของอำเภอละงู ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๕๑๖ กิ่งอำเภอทุ่ง หว้าจึงได้รับสถานะเดิมกลับคืนมาเป็นอำเภอทุ่งหว้า

ปัจจุบันจังหวัดสตูล แบ่งการปกครองออกเป็น ๖ อำเภอ ๑ กิ่งอำเภอ คือ
               ๑. อำเภอเมืองสตูล
               ๒. อำเภอละงู
               ๓. อำเภอควนกาหลง
               ๔. อำเภอทุ่งหว้า
               ๕. อำเภอควนโดน
               ๖. อำเภอท่าแพ
               ๗. กิ่งอำเภอมะนัง